Choć ustawa zobowiązuje ministra edukacji, by zmiany w systemie nauczania religii były realizowane w porozumieniu z Kościołami i związkami wyznaniowymi, minister Nowacka ograniczyła lekcje religii do godziny tygodniowo nie tylko bez takiego porozumienia, a w jawnym sporze z Kościołami i związkami wyznaniowymi. Spór ten trafił ostatecznie do Trybunału Konstytucyjnego, który przyznał rację tym drugim, uchylają rozporządzenie minister Nowackiej. Ta jednak orzeczenie sądu konstytucyjnego zwyczajnie zignorowała i od września w polskich szkołach lekcje religii są prowadzone w wymiarze jednej godziny tygodniowo. W niektórych miejscach samorządy zdecydowały jednak o organizacji dodatkowej godziny. Minister Nowacka została zapytana w rozmowie z Serwisem Samorządowym PAP czy samorządy te mogą liczyć na zrekompensowanie poniesionych kosztów.

- „Jest jedna lekcja religii, a to, że ktoś chce finansować zajęcia dodatkowe, dowolne, nie stanowi podstawy do rekompensaty. Nie ma żadnej przestrzeni na rekompensaty za świadomą decyzję samorządów dotyczącą zorganizowania dodatkowej lekcji religii”

- oświadczyła reprezentantka rządu Donalda Tuska.